1964年6月7日から1965年8月31日にわたってNETテレビ（日本教育テレビ。現：テレビ朝日）系列で全65話が放送されていた東映動画（現：東映アニメーション）製作のテレビアニメとなる｡

放送時刻は、1964年6月から12月迄は日曜日18時30分 - 19時。

1965年1月から最終回迄は火曜日19時30分 - 20時。

モノクロ作品だが、初期数話はカラーで試作されていた。

また作品中にハーモニーカットの実験も行われ、注目を集めた。

白土三平の貸本短編集『忍者旋風』（1959年）や、週刊少年マガジンに連載されていた『風の石丸』（1960年）などを原作としたテレビアニメである。

番組スポンサーの藤沢薬品工業（現：アステラス製薬／第一三共ヘルスケア）とのタイアップのため、主人公の名前（番組タイトル）が「フジ丸」と改められた。

主題歌の最後にはスポンサークレジットとともに「♪フジサ～ワ～、フジサ～ワ～、藤沢や～く～ひ～ん」とスポンサー名を連呼する女性コーラスが入っていた。

初期の数本がカラー作品で制作された後、白黒作品となった。

また、原作を離れ、オリジナルストーリーとなった第29話から原作者としての白土の表記もなくなった。

第28話まで、番組のラストには本間千代子を聞き手に初見良昭（戸隠流34代目）が忍術を詳しく解説する実写のミニコーナー『忍術千一夜』があった。

久松文雄による漫画版が雑誌『ぼくら』に連載されていた。

『まんが大行進』にてTVブローアップ版3本が上映されている。

少年忍者風のフジ丸・謎のアラビヤ人形（1964年7月21日公開） 併映は、『狼少年ケン』『エイトマン』『鉄人28号』の3本。

なお当番組は1週間で上映を終了し、代わって7月28日からは『忍者部隊月光』（劇場用新作）を上映。

少年忍者風のフジ丸・まぼろし魔術団（1965年3月20日公開） 併映は、『ガリバーの宇宙旅行』『狼少年ケン』の2本。

少年忍者風のフジ丸・大猿退治（1965年7月24日公開） 併映は、『狼少年ケン』『宇宙パトロールホッパ』『スーパージェッター』『宇宙少年ソラン』の4本。

1980年代初頭に東映芸能ビデオから、ミリオンセラー・シリーズとしてカラー版第1話を収録したVHS発売された。

2005年、ウォルト・ディズニー・ジャパン株式会社かより本作の第1話（モノクロ版）、第3話、第4話、第27話および「狼少年ケン」、「ハッスルパンチ」を収録したDVD-BOX「東映アニメモノクロ傑作選 Vol.1」が発売された。

2006年には単巻でも発売された。

2013年、株式会社ベストフィールドから全話を収録したDVD-BOX全2巻が発売された。

【少年忍者風のフジ丸】の主題歌・あらすじ・登場人物・声優

少年忍者風のフジ丸の無料動画比較！

詳細なアニメ年表が見れます♪